I Joy-Con sono i controller versatili che contraddistinguono Nintendo Switch. Il Joy-Con sinistro dispone di un pulsante di cattura che i giocatori possono premere per salvare le immagini dei giochi da condividere con gli amici. Il Joy-Con destro include un sensore NFC che permette di interagire con gli Amiibo, oltre a una telecamera IR in grado di rilevare la distanza, la forma e i movimenti degli oggetti vicini. Entrambi i Joy-Con includono una funzione HD rumble avanzata, che può eseguire vibrazioni più realistiche per dare vita ai giochi compatibili. A seconda del gioco è anche possibile utilizzare un singolo Joy-Con come controller autonomo e condividere il secondo con un amico. La batteria dei controller Joy-Con può durare fino a 20 ore.